كان الزبير من جملة أنصار سيدنا عثمان بن عفان رضي الله عنه في الفتنة، فلما قُتِل عثمان ندم الزبير وأصحابه على عدم مساعدته، وعزموا على الأخذ بثأر سيدنا عثمان رضي الله عنه،وبعدما بايع علي بن أبي طالب؛ طلب منه الزبير وطلحة تعجيل إقامة القصاص على القتلة الذين هم في صفوف جيش سيدنا علي رضي الله عنه لكن الوقت لم يكن مناسباً في رأي سيدنا علي ، فقد اختلط القتلة بالجيش وكما يقولون ضاعت الأوراق وعمت الفتنة وسيدنا علي رضي الله عنه كان قاضيا فلا يمكن تسليم القتلة بدون محاكمة عادلة....
وبعد مرور أربعة أشهر من مقتل سيدنا عثمان؛ خرج الزبير وطلحة معتمرين إلى مكة والتقوا بالسيدة عائشة بنت أبي بكر رضي الله عنها وكان وصولهما إلى مكة في ربيع الآخر سنة 36 هـ، ودعا الزبير الناس إلى الأخذ بثار عثمان، وجمع جيشاً لمحاسبة قتلة عثمان.
ثم قتل عددًا ممن شارك في قتل عثمان قُدِر بسبعين رجلًا، واستطاع الزبير وطلحة ومن معهما أن يسيطروا على البصرة.
ثم التقى جيشه مع جيش سيدنا علي كرم الله وجهه فقال له علي:
«يا زبير! أنشدك الله أسمعت رسول الله صلى الله عليه وسلم
يقول: «إنك تقاتلني وأنت ظالم؟». قال: نعم! لم أذكره إلا في موقفي هذا»، فلما تذكّر الزبير ذلك انصرف عن القتال فلما رجع متوجها إلى المدينة
لحقه ابن جرموز بوادي السباع فقتله وهو يصلي، فلما جيء برأسه بكى علي بن أبي طالب وقال: سمعت رسول الله صلى الله عليه وسلم يقول: «بشر قاتل ابن صفية بالنار» فكَان استشهاده بِوَادِي السِّبَاعِ بالْبَصْرَةَ، سَنَةَ سِتٍّ وَثَلَاثِينَ.
كان ميراث الزبير أرضين بالغابة، ودارًا بالمدينة، ودارًا بالبصرة ودارًا بالكوفة، ودارًا بمصر، وكان عليه دَين يُقدّر بـ ألفي ألف ومائتي ألف،وكان أكبر هم الزبير قبل وفاته هو سداد هذا الدَين، وأوصى ابنه عبد الله رضي الله عنه بسداده، فقال له:يا بُنَيّ، إنَّه لا يقتل اليوم إلاَّ ظالم أو مظلوم، وإنّي لا أُراني إلاَّ سأقتل اليوم مظلومًا، وإنَّ من أكبر همِّي دَينِي، قال عبد الله: فجعل يوصيني بدينه ويقول: يا بُنيَّ، إن عجزتَ عنْه في شيء فاستعِنْ عليْه بمولاي، قال: فوالله ما دريتُ ما أراد حتَّى قلتُ: يا أبتِ مَن مولاك؟ قال: الله، قال: فوالله ما وقعتُ في كربة من دَينه إلاَّ قلتُ: يا مولى الزبير، اقضِ عنه دينَه، فيَقضيه.»
السيدة أسماء بنت أبي بكر رضي الله عنها كانت أُولى زوجاته، تزوجها قبل الهجرة إلى المدينة، وولدت له خمسة أولاد هم: عبد الله، وعروة، والمنذر، وعاصم، والمهاجر، وثلاث بنات هن: خديجة الكبرى، أم الحسن، عائشة، وكان الزبير غيورًا، وكانت أسماء تخشى غيرته، فتحكي أسماء رضي الله عنها فتقول:«تزوجني الزبير، وما له في الأرض من مال ولا مملوك، ولا شي غير ناضح وغير فرسه، فكنت أعلف فرسه وأستقي الماء، وأعجن، ولم أكن أحسن أخبز، وكان يخبز جارات لي من الأنصار، وكن نسوة صدق، وكنت أنقل النوى من أرض الزبير التي أقطعه إياهارسول الله صلى الله عليه وسلم
على رأسي، وهي مني على ثلثي فرسخ، فجئت يومًا والنوى على رأسي، فلقيت رسول الله صلى الله عليه وسلم
ومعه نفر من الأنصار، فدعاني ثم قال: (إخ إخ). ليحملني خلفه، فاستحييت أن أسير مع الرجال، وذكرت الزبير وغيرته وكان أغير الناس، فعرف رسول الله صلى الله عليه وسلم أني قد استحييت فمضى، فجئت الزبير فقلت: لقيني رسول الله صلى الله عليه وسلم وعلى رأسي النوى، ومعه نفر من أصحابه، فأناخ لأركب، فاستحييت منه وعرفت غيرتك، فقال: والله لحملك النوى
كان أشد علي من ركوبك معه، قالت: حتى أرسل إلي أبو بكر بعد ذلك خادم يكفيني سياسة الفرس، فكأنما أعتقني»